L’IBEM prend en compte la diversité biologique de cinq groupes taxonomiques : la Végétation aquatique, les Gastéropodes et les Coléoptères aquatiques, les Odonates adultes et les Amphibiens.
Les Amphibiens sont déterminés au niveau de l’espèce, les 4 autres groupes au niveau du genre.
Afin de palier aux problèmes liés aux changements dans la systématique (par ex. nouveaux genres ou regroupement de taxons), des tables de référence (liste des genres/espèces) accompagnent la méthode (voir les paragraphes consacrés aux 5 groupes biologiques ci-dessous).
Pour garantir la pertinence de l’évaluation de la diversité biologique, seuls les taxa collectés par l’échantillonnage standardisé peuvent être pris en considération; les taxa récoltés par d’autres moyens ne participent pas au calcul de l'Indice de Biodiversité IBEM, bien que les informations collectées puissent avoir un intérêt en termes de conservation de la diversité biologique (par exemple, espèces menacées non recensées par l’échantillonnage standardisé).
Le périmètre d’étude se limite à la surface en eau. D’éventuels milieux annexes, non connectés à l’étang, n’en font pas partie. Ces milieux annexes sont, dans le cadre d'une évaluation à l'aide de l'IBEM, considérés en tant que systèmes indépendants et ne doivent pas être échantillonnés.
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